Der japanische Wissenschaftler Dr. Minoru Shirota forschte Anfang des letzten Jahrhunderts an der japanischen Universität Kyoto über die Wirkung der Darmbakterien auf die Gesundheit. Im Jahr 1930 gelang es ihm, ein Milchsäurebakterium mit einzigartigen Eigenschaften zu selektieren und zu kultivieren: L. casei Shirota. Das Besondere an diesen Shirota Bakterien ist, dass sie lebend und in großer Zahl den Darm erreichen, da sie besonders widerstandsfähig gegenüber Magen- und Gallensäuren sind.
Dr. Minoru Shirota gründete sowohl das Unternehmen Yakult, als auch ein eigenes Forschungsinstitut, das Yakult Central Institute in Tokio. Bis heute erforschen dort Wissenschaftler den Stamm L. casei Shirota und die Darm-Mikrobiota. Im Jahr 2005 wurde das erste europäische Yakult Forschungsinstitut im belgischen Gent eröffnet.